医院始建于1958年，伴随着国家“一五”重点项目吉林“三大化”的开工建设，至今已有60多年的历史。医院原名“吉林化学工业公司职工医院”， 1965年，吉林化学工业公司撤销，医院更名为“化学工业部吉林职工医院”；1970年，职工医院划归吉化公司直接领导，更名为“吉化公司职工医院”；1986年，随着吉化的发展，由“三大化”发展到“五大化”工厂，建立了第二职工医院；1988年，吉化公司决定，合并第一、第二职工医院，成立“吉化职工医院”；1995年，更名为“吉化集团公司职工医院”；1998年，成立“吉化集团公司总医院”，下设一院（原土城子部）、二院（原铁东部）。在吉林石化公司的重点扶持下,医院由单纯为吉化职工和家属服务拓展为向社会提供医疗卫生服务, 通过不断创新管理和优化流程,医院实现了跨越式发展，在吉林地区大型综合性医院发展进程中名列前茅。1994年，医院顺利通过审批，成为卫生部首批三级甲等医院。2008年，一院新综合楼和二院体检楼落成，平稳投入运营，医院规模扩大，功能完备，医疗质量和服务质量逐步提升。2007年，医院成为北华大学第二附属医院，在诊疗技术、科技水平、专科建设等方面取得了新进展。2015年，吉化职工医疗保险正式移交吉林市实行属地管理，吉化内部医保与吉林市医疗保险正式接轨，惠及吉化10万参保人员。2017年，在全省三级以上医疗机构考核评价中获得吉林省排名第四，吉林市排名第一的好成绩。2019年，按照国务院深化国有企业医院体制改革的要求，依托宝石花医疗集团的资源优势，正式更名为“吉林市化工医院”，在建立完善的激励机制和运营机制同时,不断增强医院自身内在发展动力和市场竞争能力，不断推动学科建设和技术提升，确保医院健康稳定、可持续发展。